Karol Wojtyła był niejednokrotnie bliski śmierci. Jednak aż do późnej starości z incydentów tych wychodził obronną ręką jakby od dzieciństwa pozostawał pod szczególną ochroną Bożej Opatrzności. Ręce do góry, Lolek! Już jako gimnazjalista Karol Wojtyła omal nie stracił życia po wygłupie swojego kolegi. Zdarzyło się to jakiś czas po śmierci mamy, Emilii Wojtyłowej, która zmarła, gdy Lolek miał dziewięć lat. Prowadzeniem gospodarstwa zajmował się wówczas jego ojciec. Porucznik Karol Wojtyła był dla Lolka ojcem i matką: prał, robił zakupy i sprzątał, jedynie nie gotował obiadów. Stołowali się w jadłodajni państwa Banasiów, rodziców szkolnego, choć nie klasowego kolegi Lolka, Bogusława. Wojtyłowie pojawiali się na obiedzie wczesnym popołudniem. Pani Maria Banaś musiała gotować dobrze, bo ojciec i syn lubili tam przychodzić. Atmosfera tych posiłków była tak sympatyczna, że ojcowie chłopców zaprzyjaźnili się.
Kiedy dorośli wdawali się w pogawędkę, szkolni kumple bawili się. Jednym z bywalców jadłodajni „u Banasia" był pewien policjant, który po służbie wpadał tam na coś mocniejszego. Miał jednak poczucie przyzwoitości i solidności zawodowej, bo kiedy uznał, że wypił o jeden kieliszek za dużo, zostawiał u Banasiów rewolwer na przechowanie. Któregoś dnia Bogusław Banaś, jak to nieraz czynią młodzi ludzie, chciał zrobić swojemu koledze kawał. Wyciągnął rewolwer z szuflady i kierując go w stronę Karola powiedział: „Ręce do góry, albo strzelam". Jakimś trafem broń rzeczywiście wypaliła. Kula przeszła o włos od głowy Lolka i roztrzaskała okno. Obudzony z drzemki ojciec Bogusława zerwał się na równe nogi, wyrwał synowi pistolet z rąk i schował z powrotem do szuflady. Opatrzność po raz pierwszy dała znać, że czuwa nad Lolkiem. Anioły w Krakowie Zdawało się, że Opatrzność posyłała niekiedy nawet aniołów, by chroniły życie przyszłego Papieża. Do dzisiaj nie wiadomo, kim był tajemniczy niemiecki oficer, któremu Karol Wojtyła zawdzięcza ocalenie.
Było mroźne popołudnie 29 lutego 1944 roku, niespełna 24-letni Karol skończył właśnie ciężką pracę w oczyszczalni sody w Borku Fałęckim. Tego dnia był potwornie zmęczony, miał bowiem za sobą podwójną zmianę - dzienną i nocną. Wracał tą samą trasą, w roboczym ubraniu i w swoich nieodłącznych drewniakach, do mieszkania przy ul. Tynieckiej 10 na Dębnikach. Szedł blisko krawężnika. W okolicach Matecznego nadjechała wielka niemiecka ciężarówka. I wtedy stała się tragedia. Rozpędzony samochód potrącił Karola, który padł obok krawężnika jak nieżywy. Jadąca tramwajem Józefa Florek, która widziała wypadek, wysiadła na najbliższym przystanku i podeszła do leżącego młodego robotnika. Był nieprzytomny. Stała chwilę bezradna, zasłaniając leżącego przed nadjeżdżającymi samochodami. Wreszcie zatrzymało się auto, z którego wysiadł niemiecki oficer. Spostrzegłszy, co się stało, polecił Józefie Florek, aby przyniosła wodę z pobliskiego rowu, a sam stał przy Wojtyle. Zmieszaną z błotem wodą zmyli krew z twarzy leżącego, który zaczął zdradzać oznaki życia. Wówczas oficer zatrzymał ciężarówkę wiozącą drągi i kazał przewieźć rannego do szpitala przy ul. Kopernika. Karol Wojtyła trafił tam ze złamanym obojczykiem i wstrząsem mózgu. W szpitalu spędził dwanaście dni. To, że przeżył, stało się dla niego dowodem, że wypadek nie był przypadkiem i dawało mu pewność, że słusznie wybrał, decydując się zostać księdzem. Po wyjściu ze szpitala nie zapomniał też o swojej wybawczyni.
Pisał listy do Józefy Florek, zwracając się do niej jako do tej, której zawdzięcza życie. Jeden wzięty, drugi pozostał Ledwie Karol doszedł do siebie po wypadku, znowu otarł się o śmierć. Będąc wówczas konspiracyjnym klerykiem, posługiwał do Mszy księdzu metropolicie Adamowi Stefanowi Sapieże w kaplicy arcybiskupów krakowskich. Towarzyszył mu w tym inny zakonspirowany kleryk, Jerzy Zachuta. Byli rówieśnikami, obaj też potajemnie studiowali teologię. Pewnego kwietniowego poranka 1944 roku kolega nie przyszedł do rezydencji arcybiskupiej przy ul. Franciszkańskiej 3. Karol udał się do jego mieszkania na Ludwinowie, aby sprawdzić, co się stało. Dowiedział się, że w nocy zabrało Zachutę gestapo. Było to 13 kwietnia 1944 roku. o godz. 24.30. Niemcy przyszli po ukrywającego się tam AK-owca, ten jednak uciekł przez okno. Zamiast niego wzięto Zachutę, a wraz z nim dwóch innych mieszkańców domu. Jerzy został prawdopodobnie rozstrzelany 27 maja 1944 roku w egzekucji przy ul. Botanicznej.
Śmierć kolegi wywarła na młodym Karolu Wojtyle tak wielkie wrażenie, że po 50 latach już jako Papież wspomniał go w autobiograficznej książce „Dar i Tajemnica". „Miejscem moich święceń, jak już powiedziałem, była prywatna kaplica Arcybiskupów Krakowskich. Pamiętam, że w czasie okupacji często przychodziłem do tej kaplicy, aby w godzinach porannych służyć jako kleryk do Mszy św. Księciu Metropolicie. Pamiętam także, iż przez pewien czas przychodził ze mną inny konspiracyjny kleryk - Jerzy Zachuta. Pewnego dnia nie przyszedł. Kiedy po Mszy św. zaszedłem do jego mieszkania na Ludwinowie (sąsiedztwo Dębnik), dowiedziałem się, że w nocy został zabrany przez Gestapo. Wkrótce potem jego nazwisko znalazło się na liście Polaków przeznaczonych do rozstrzelania. Przyjmując święcenia kapłańskie w tej samej kaplicy, nie mogłem nie pamiętać tego mojego brata w powołaniu kapłańskim, którego Chrystus w inny sposób połączył z misterium swojej śmierci i swojego zmartwychwstania" - napisał Jan Paweł II. Georg Weigel, biograf Jana Pawła II, ujął to tak: „Jeden został wzięty, drugi pozostał. W planach Opatrzności nie ma zwykłych przypadków". Wojtyła przyszedł? Tak jest! I jeszcze jedna historia z czasów II wojny światowej, świadcząca o opiece, jaką nad Karolem rozpostarła Boża Opatrzność.
Kiedy w Warszawie wybuchło powstanie, wieści o nim powodowały wzrost patriotycznych nastrojów w innych miastach Generalnego Gubernatorstwa. Niemcy obawiając się, że w Krakowie może dojść do próby zbrojnego wsparcia powstania warszawskiego, rozpoczęli w niedzielę 7 sierpnia 1944 roku akcję zatrzymywania wszystkich młodych mężczyzn. Rewizja nie ominęła domu przy ul. Tynieckiej 10, w którym od 1938 roku mieszkał Karol Wojtyła. Przyszły papież był wówczas klerykiem konspiracyjnego seminarium duchownego pod egidą abp. Adama Stefana Sapiehy, ale właśnie ze względu na utajnienie, alumni nie przebywali razem, tylko mieszkali i pracowali „na mieście", jedynie na zajęcia zachodzili do pałacu bądź do konspiracyjnych lokali. Ks. Mieczysław Maliński, również alumn seminarium wspomina, że tego dnia udało mu się uniknąć łapanki, ale do domu dobrnął z duszą na ramieniu dopiero w nocy. Martwił się o los Karola Wojtyły. Gdy stanął przed bramą rezydencji arcybiskupiej przy Franciszkańskiej 3, od razu zapytał Stanisława Starowieyskiego, późniejszego kolegę Karola ze studiów w Rzymie: „Wojtyła przyszedł?". Usłyszał w odpowiedzi: „Tak jest!". Okazało się, że Niemcy, przeszukując dom przy Tynieckiej, przeczesali parter i pierwsze piętro, lecz nie przyszło im do głowy, aby przeszukać suterenę. Podczas rewizji Karol stał cicho za drzwiami swojego mieszkanka. Rankiem udało mu się szczęśliwie przedostać do rezydencji arcybiskupa Adama Sapiehy, gdzie natychmiast otrzymał sutannę, która była dla niego i innych kleryków jakby „pancerzem ochronnym". Komuniści wybrali Wojłyłę Ta historia wydaje się wręcz nieprawdopodobna, ale jest prawdziwa, udokumentowana przez biografów papieskich. Gdyby nie ważny dygnitarz partyjny, Karol Wojtyła nie zostałby biskupem, a - w konsekwencji - papieżem.
W czasach PRL-u zgodę na kandydata na biskupa, zanim jego nazwisko trafiło do Rzymu, musiała wydać władza komunistyczna. Procedura ta była skutkiem porozumienia, zawartego w 1956 roku w imieniu Episkopatu Polski przez kard. Stefana Wyszyńskiego z PRL-owską władzą. Często zdarzało się tak, że kandydat na biskupa był od razu odrzucany. Tak też było w Krakowie po śmierci abp. Eugeniusza Baziaka w 1962 roku. Zenon Kliszko, który z ramienia Biura Politycznego KC opiniował kandydatów na biskupów, odrzucił wszystkie siedem nazwisk zaproponowanych przez prymasa Stefana Wyszyńskiego. „Czekam na Wojtyłę" - powiedział Kliszko Stanisławowi Stommie, posłowi z katolickiego koła „Znak" i dodał: „i tak długo będę wetował nazwiska, aż się doczekam". Stomma z trudem powstrzymał się od śmiechu, bo wiedział, że arcybiskup Wojtyła sprawi wiele kłopotów władzy ludowej. Gdy nazwisko biskupa Wojtyły pojawiło się na liście kandydatów, Kliszko skwapliwie je zaaprobował. Po wcześniejszej akceptacji władzy ludowej, 13 czerwca 1964 roku papież Paweł VI mianował biskupa Karola arcybiskupem metropolitą krakowskim. Wkrótce komuniści gorzko tego pożałowali. Dlaczego Kliszko popełnił taką brzemienną w skutki pomyłkę? Otóż uważał on Wojtyłę za intelektualistę, człowieka o zainteresowaniach artystycznych, stroniącego od polityki, którym - ze względu na jego młody wiek (43 lata) - będzie można manipulować. Dodatkowo liczył na to, że będzie można przeciwstawiać Wojtyłę kard. Stefanowi Wyszyńskiemu, hierarsze niezwykle zaangażowanemu społecznie, który sprawiał wielki kłopot władzy, krytykując jej poczynania. Tymczasem abp Wojtyła przyjął podobną linię co prymas i zaraz po swym ingresie do katedry wawelskiej objawił się jako zdecydowany obrońca praw i niezależności Kościoła.
